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高通量 3D 表型分析是一個(gè)迅速崛起的領(lǐng)域，在植物個(gè)體測(cè)量中有著廣泛的應(yīng)用。盡管如此，由于資金和后勤的限制，高通量植物表型分析很少用于生態(tài)學(xué)研究。


EasyDCP的整體工作流程。(a)必須對(duì)每組植物進(jìn)行成像，并且必須為EasyDCP準(zhǔn)備圖像和配置文件。(b) EasyDCP_Creation對(duì)所有圖像集執(zhí)行順序處理，為每組植物創(chuàng)建一個(gè)3D點(diǎn)云。(c) EasyDCP_Analysis對(duì)每個(gè)三維點(diǎn)云進(jìn)行分類、分割和計(jì)算，以測(cè)量植物性狀，包括株高和投影葉面積。

作者介紹了EasyDCP，這是一種使用數(shù)碼相機(jī)從集裝箱植物圖像中提取3D植物表型特征的軟件工具，已經(jīng)證明了EasyDCP是一種可行的低成本工具，可用于對(duì)植物種群進(jìn)行表型分析，測(cè)量性狀的精度與商用激光掃描儀相當(dāng)或略高。計(jì)算機(jī)硬件和商用三維重建軟件是財(cái)務(wù)成本，但與其他三維植物測(cè)量工具和高通量表型分析解決方案相比，總成本是可以承受的。與其他基于3d的方法相比，EasyDCP具有更易于使用和更少手動(dòng)步驟的優(yōu)點(diǎn)，能夠以最少的訓(xùn)練實(shí)現(xiàn)高通量操作。


(a)使用EasyDCP和PlantEye激光掃描儀測(cè)量的標(biāo)尺長(zhǎng)度和實(shí)際長(zhǎng)度之間的差異。(b)相對(duì)于地面真實(shí)情況，計(jì)算y軸上繪制的植物高度和投影葉面積。黑線代表與地面真實(shí)情況的1比1測(cè)量

作者比較了EasyDCP與高端商用激光掃描儀在獲取株高和投影葉面積方面的性能。這兩種工具都與地面真實(shí)測(cè)量有很強(qiáng)的相關(guān)性，使用EasyDCP進(jìn)行的株高測(cè)量更準(zhǔn)確（株高：EasyDCP r2=0.96，激光r2=0.86；投影葉面積：EasyDCP r2=0.96，激光r2=0.96。EasyDCP是一種高通量、低勞動(dòng)力和經(jīng)濟(jì)成本的容器植物表型性狀測(cè)量開源軟件工具。

來源：Wiley Online Library.EasyDCP: An affordable, high-throughput tool to measure plant phenotypic traits in 3D
Alexander Feldman, Haozhou Wang, Yuya Fukano, Yoichiro Kato, Seishi Ninomiya, Wei Guo
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13645